| Извършване на изследвания, изпитвания, измервания, необходими за разработването на продуктова иновация (дейността ще бъде изпълнена чрез наемане на квалифициран персонал - 4 бр. експерти и закупуване на материали, необходими за разработването на иновацията - комплекти реактиви за измерване активността на кинази, както и химични съединения-молекулни проби).: Като част от дейността екипът по проекта ще разработи и внедри специализиран софтуер за създаване на портфолио от молекулни модели на протеин-кинази, базирани на ко-кристалографски данни. Софтуерната система ще притежава следната архитектура: модулен, високо адаптивен немонолитен дизайн, който да позолява създаване, доказване и прилагане на иновативен подход за намиране на специфични химични молекулни проби за киназни ензими. Платформата ще предлага среда, градивни блокове и методи за интеграция. Компонентите на системата ще гарантират изпълнението на основните дейности по събиране, обработка и съхраняване на данни, възможност за лесно сглобяване на бизнес процеси и експерименти.
В рамките на дейността се предвижда екипът по проекта да осъществи и тествания и изпитвания, необходими за ефективното разработване на иновацията.
И.Киров ще извършва: -Интегриране на готови модули в бизнес процеси подпомагащи текущи експерименти;-Програмиране на скриптове и модули за манипулиране на данни и предварителната им обработка, базирани на конвертори от платформата;-Настройка на съществуващи модули за целите на експеримент и пускането им в употреба;-Програмиране на скриптове за обработка на получени резултати;-Мониторинг и поддръжка по време бизнес процеси и експерименти;-Приемане на готови модули и функционалност и проверка на годността им за интегриране в необходимите експерименти и бизнес процедури.
Л.Нашев ще извършва: -намиране и проверка на висококачествени данни от рентгеноструктурен анализ, подходящи за моделиране на квантовите компоненти на химични проби;-проследяване и проверка на всички стъпки от конвертирането и подготовката на 3D-информацията за протеин-киназите и техните лиганди; - тестване на резултатите от различните модлули на разработвания софтуер -осигуряване на биологична експертиза при изграждане на новите класификационни системи на протеин кинази;-организиране и подпомагане и на различни типове биоинформатичен анализ;-анализ на резултатите (детектиране на потенциални колоидни агрегатори, ковалетно-модифициращи агенти и др.);-избор и използване на съществуващ софтуер и алгоритми за филтриране на съединенията;
М Мартинова ще извършва: -консултантска дейност относно алгоритмична и химична теория на графите, както и помощ при изготвяне на алгоритми за изграждане на нови класификационни системи за протеин-кинази. Химична теория на графите ще се приложи, както при началния процес на подготовка на кандидат-молекулните проби, така и при тяхното селектиране и използване в класификационни системи и генериране на нови методи за откриване на сходство между протеин-кинази.
П. Ганова ще извършва: - Лабораторни изследвания на предсказани от молекулните модели, разработени в проекта молекулни проби за кинази. Избор на оптимална методология за тестване на до три различни протеин кинази на до 15 различни молекулни проби. - Анализ, обработка и представяне на резултатите от лабораторните биохимични изследвания.
Заложените материали и консумативи са необходими за извършване на лабораторните тестове на предсказани нови молекулни проби за киназни ензими. Закупените материали (до 6 комплекта реактиви за лабораторно тестване на до три различни типа кинази и до 45 химични проби) ще позволят експериментално тестване на предсказани от разработваната платформа молекулни проби, което ще валидира и едновременно подобри моделите и е важна стъпка от разработването на иновацията.
Стъпки за реализация на дейността:
1/ Подбор на квалифициран персонал (2-ри месец); 2/ Период на заетост на наетия персонал (от2-ри до 21-ти месец); 3/ Провеждане на процедура за избор на доставчик на материали (от 10-ти до 13-ти месец) - съгласно изискванията, регламентирани в ЗУСЕСИФ и ПМС No 160. 2/ Сключване на договор с избрания изпълнител (13-ти месец). 3/ Доставка на материалите (от 13-ти до 15-ти месец)). 4/ Подписване на финални приемо-предавателни протоколи. (15-ти месец). |
206 090.00
|
0.00
|
| Придобиване на специализиран софтуер, необходим за разработването на продуктова иновация (дейността ще бъде изпълнена чрез придобиване на 1 бр. ДНА).: Като част от дейността ще бъде закупен ДНА, а именно софтуерна система от модули, които ще осигуряват изключително важни фази на предварителната обработка на данни от рентгеноструктурен анализ на протеин-кинази от публични източници, както и различни стъпки от визуализация на крайния резултат от молекулното моделиране.
Необходимост от закупуване на специализиран софтуер:
С цел на оптимизация на работата по проекта е необходимо изнасянето на част от софтуерната разработка към външен изпълнител. Ще бъде изнесено събирането и предварителната обработка на суровите общодостъпни публични данни, както и финална обработка и визуализация на резултатите от моделирането. Като резултат от това ще бъдат постигнати следните цели:
- Съкращаване на времето за разработка на софтуер, което ще гарантира успешно изпълнение на проекта в заложените срокове
- Освобождаване на вътрешнофирмен ресурс, което ще позволи съсредоточаване в по-сложните модули на системата
- Ще повиши качеството на създадения софтуер и ще гарантира използването на по-разнообразни и иновативни ИТ технологии
Софтуерът трябва да гарантира изпълнението на основните дейности по събиране, начална обработка, съхраняване и визуализация на данни.
Софтуерната система ще се състои от следните модули:
1/ Модул за събиране на данни за кристални структури от публични бази от данни с кристалографска информация
- Предоставя инфраструктура и инструменти за изтегляне и съхраняване на информация за кристални структури от достъпни източници.
- Осигурява модулна среда за добавяне на източници и съхраняване на различни по формат данни
2/ Модул за предварителна обработка на данните с кристалографска информация
- Предоставя модулна инфраструктура за преобразуване на данни в различни формати за представяне на кристалографска информация, необходими за специфичния тип молекулно моделиране, използвано в разработваната иновация
- Предоставя алгоритми за игнориране на ненадеждни данни
3/ Модул за филтриране на данните по видове цели
- Изолира под-множество от молекули подходящи за създаване на модели на киназни ензими
- Осигурява адекватно разделяне на данните за всяка фаза от изследователския процес
- Изолира допълнителни подмножества от молекули, с които да се моделират сходни взаимодействия, с цел доказване на аналогично поведение и потвърждаване на резултатите
4/ Модул за разделяне на лигандите от протеина в използваните ко-кристални структури
- Предоставя компоненти за четене на избран файлов формат, които да осигурят достъп до необходимата за моделиране информация
- Алгоритъм за разделяне и групиране на лигандите от изходния формат
- Алгоритъм за групиране на двойки лиганд-протеин подходящи за молекулно моделиране
5/ Модул за конвертиране на лигандите и протеина в sdf формат
- Създава информационната база с кристални структури за моделиране
- Осигурява алтернативни конфигурации лиганд-протеин за валидиране на моделите
6/ Модул за събиране на база данни от малки молекули за изследване през създадения модел
- Модулна система позволяваща добавяне на алтернативни източници на информация за малки молекули
- Компоненти за преобразуване на формати на данни
- Компоненти за съхраняване в предварително избран формат
- Интерфейси за достъп до събраната информация при използването и в бизнес процеси
- Опция за импорт на данни от клиентски бази
7/ Модул за финална обработка и визуализация на резултатите от моделирането
- Компонент за разчитане на финалните резултат
- Компонент за визуализация и интуитивно представяне на резултатите
Стъпки за реализация на дейността:
1/ Провеждане на процедура за избор на изпълнител (от 1-ви до 3-ти месец) - съгласно изискванията, регламентирани в ЗУСЕСИФ и ПМС No 160 (избор с публична покана). 2/ Сключване на договор с избрания изпълнител (3-ти месец). 3/ Изработване и доставка на софтуера (от 3-ти до 12-ти месец)). 4/ Подписване на финални приемо-предавателни протоколи. (12-ти месец). |
51 000.00
|
0.00
|
| Визуализация на проекта (ще бъде изпълнена чрез изработването на: информационна табела - 1 бр., стикери - 10 бр., плакати - 10 бр.).: Като част от дейността ще бъдат изработени: информационна табела - 1 бр.; плакати - 10 бр.; стикери - 10 бр. При изпълнението на дейността кандидатът ще се съобрази изцяло с мерките за публичност и информираност съгласно правилата на Приложение XII „ИНФОРМАЦИЯ И КОМУНИКАЦИЯ ОТНОСНО ПОДКРЕПАТА ОТ ФОНДОВЕТЕ” от Регламент (ЕС) № 1303/2013 на Европейския парламент и на Съвета. Всяко средство за визуализация на проекта (табела, плакати и стикери) ще посочва, че проектът е получил финансиране от Европейския фонд за регионално развитие чрез ОП "Иновации и конкурентоспособност" 2014-2020 и ще съдържа номера и наименованието на проекта.
Основните цели на дейността ще са:
- да повиши обществената осведоменост и прозрачността по отношение на съфинансирането на проекта по ОПИК;
- да информира широката общественост за ролята, която играе Европейският съюз съвместно с държавите-членки при отпускането на помощта и за резултатите от нея;
- да гарантира прозрачността в процеса на усвояване на европейските фондове и изпълнението на финансираните проекти;
- да информира за източника на европейско съфинансиране – в случая това е Европейския фонд за регионално развитие.
Кандидатът ще постави една информационна табела с размери минимум 50 на 70 см., на видимо за обществеността място. Табелата ще съдържа следната текстова и визуална информация:
- емблемата на ЕС и упоменаването „Европейски съюз“;
- наименованието на съфинансиращия фонд - Европейски фонд за регионално развитие;
- общото лого за програмен период 2014-2020 г.;
- наименованието на Оперативна програма „Иновации и конкурентоспособност” 2014-2020;
- наименованието на проекта;
- общата стойност на проекта, както и размера на европейското и националното съфинансиране, представени в български лева;
- начална и крайна дата на изпълнение на проекта
Емблемата на ЕС, упоменаването „Европейски съюз“ и наименованието на финансиращия фонд ще заемат минимум 25% от площта на табелата. Те ще се изготвят в съответствие с техническите характеристики, приети от Европейската комисия. Емблемата на ЕС ще бъде в съответствие с графичните стандарти, определени в приложение II от Регламент за изпълнение (ЕС) № 821/2014 на Комисията.
Като част от дейността кандидатът планира да постави и 10 бр. плакати, с размери минимум 50 на 70 см., в които се споменава финансовата подкрепа от ЕС, на видно за обществеността място, като например входа на сградата, където се помещава компанията и др.
Плакатът ще съдържа следната текстова и визуална информация:
- емблемата на ЕС и упоменаването „Европейски съюз“;
- наименованието на съфинансиращия фонд - Европейски фонд за регионално развитие;
- общото лого за програмен период 2014-2020 г.;
- наименованието на Оперативна програма „Иновации и конкурентоспособност” 2014-2020;
- наименованието на проекта;
- общата стойност на проекта, както и размера на европейското и националното съфинансиране, представени в български лева;
- начална и крайна дата на изпълнение на проекта
Кандидатът планира и отпечатването на 10 бр. залепящи се стикери, които ще бъдат поставени на всеки актив, закупен по проекта и също ще съдържат всички реквизити, съгласно правилата на Приложение XII „ИНФОРМАЦИЯ И КОМУНИКАЦИЯ ОТНОСНО ПОДКРЕПАТА ОТ ФОНДОВЕТЕ” от Регламент (ЕС) № 1303/2013 на Европейския парламент и на Съвета.
Текстът на всеки стикер ще посочва, че проектът е получил финансиране от Европейския фонд за регионално развитие чрез Оперативна програма "Иновации и конкурентоспособност" 2014-2020 и ще съдържа номера и наименованието на проекта.
Стъпки за реализация на дейността:
1/ Провеждане на процедура за избор на изпълнител (от 1-ви до 3-ти месец) - съгласно изискванията, регламентирани в ЗУСЕСИФ и ПМС No 160 (публикуване на съобщение за набиране на оферти в ИСУН 2020). 2/ Сключване на договор с избрания изпълнител (3-ти месец). 3/ Извършване на предвидената услуга (от 3-ти до 24-ти месец). 4/ Подписване на финални приемо-предавателни протоколи. (24-ти месец). |
180.00
|
0.00
|
| Придобиване на ДМА, необходими за разработването на иновацията (дейността ще бъде изпълнена чрез придобиване на специализиран хардуер).: Дейността ще включва закупуване на специализиран хардуер (ДМА), необходим за изчислителни операции по време на разработването на иновацията.
Нуждата от закупуване на мощни сървърни системи се явява ключов елемент за изпълнението на конкурентна система за квантово моделиране на кинази.
Квантовото преобразуване на химични структури отнема няколко месеца (6-8) за една база от данни (200 млн. структури) при средно производителни сървърни системи. За ускоряване на изчисленията са необходими голям брой процесорни ядра както и достатъчно количество налична операционна памет.
От друга страна, набавянето на входни данни и първичната им обработка изисква наличието на бързи твърди дискове с големи обеми. Трансфера и предварителна обработка на публични данни също е времеотнемащ процес зависещ от множество фактори: капацитет на публичните файлови сървъри, стабилност на интернет свързаността и т.н. Това налага използването на стабилни твърди дискове, които ще гарантират минимална вероятност за загуба на свалени и обработени данни.
Поради специфичността на проекта се налага набавянето на два отделни сървъра. Един за квантови изчисления, моделиране и съхранение на бази данни, както и един сървър за набавяне, предварителна обработка и съхранение на публични данни. Работата с два отделни сървъра ще допринесе за оптимизация на времето за обработка и пресмятане на данните. Също така ще се разпредели натоварването на хардуера, което ще гарантира по-безпроблемна оперативна активност и ще намали възможността от фатална неизправност.
За обезпечаване на специфичните нужди на екипа от експерти по проекта, ще бъде закупен следния хардуер:
1. Сървъри (за шкаф (rack-system)) – 2 бр.
a. Сървър за набавяне, съхранение и предварителна обработка на входни данни
- CPU – 2 бр. (16 ядра)
- RAM – 32GB
- HDD/SDD – 10TB
b. Сървър за квантови изчисления, моделиране и генериране на статистики, съхранение на бази от данни
- CPU – 4 бр. (64 ядра)
- RAM – 128GB
- HDD/SDD – 10TB
2. Шкаф за сървъри
a. С капацитет достатъчен за съхранението на описания хардуер
3. UPS
a. С капацитет за захранване на сървъра за квантови сметки
4. Мрежов комутатор
a. Поддържащ скорости над 1 Gb/s
5. KVM Превключвател и конзола
a. Включващ монитор и клавиатура за директен достъп до сървърите
6. Система за архивиране на данни
a. Backup модул
- Панел за RDX преносими касети
b. Backup касети
- RDX преносими касети за бързо архивиране на критични данни – капацитет 1 ТБ – 3 бр.
Стъпки за реализация на дейността:
1/ Провеждане на процедура за избор на изпълнител (от 1-ви до 3-ти месец) - съгласно изискванията, регламентирани в ЗУСЕСИФ и ПМС No 160 (избор с публична покана). 2/ Сключване на договор с избрания изпълнител (3-ти месец). 3/ Доставка на хардуера (от 4-ти до 6-ти месец)). 4/ Подписване на финални приемо-предавателни протоколи. (6-ти месец). |
124 656.00
|
0.00
|
